Понравился алгоритм чтения Майкла Паркера из Khan Academy:

Одновременно с чтением, открываю на своем макбуке копию книги в приложении Киндл и маркдаун-редактор (Sublime Text или MacVim, не важно). Когда прочел что-то, что мне хотелось бы законспектировать, запоминаю это своими словами, переключаюсь на текстовый редактор и записываю в файл. Не использую копи-пейст, потому, что обнаружил, что мой способ помогает мне запоминать прочитанное лучше, а еще помогает мне переписать предложение так, как мне нужно (обычно, короче). Часто моя память меня подводит даже в процессе записывания, но я могу легко переключиться в уже открытое приложение с той же книгой и перечитать необходимый отрывок.

Никаких выделений текста в приложении, никакого хитрого экспортирования. Извините, если разочаровал.